Aller Wahrscheinlichkeit nach wurde diese Krypta nicht vor dem Jahr 819 erbaut; denn erst für dieses Jahr sind grundlegende Schenkungen beurkundet, die aus dem kleinen Kloster auf der Insel Puochau einen Stützpunkt des fränkischen Reiches machten. Mit Hilfe dieser materiellen Ausstattung war es erst möglich, an einen großen Kirchenbau zu denken, der mit der Unterkirche, mit dieser Krypta, begann. Mit anderen Worten: schon 1200 Jahre lang ist hier ein Ort des Gebetes und der Gottesdienste. Diese Krypta ist ein kunsthistorisches Zeugnis der Frühromanik und gilt als eine der frühesten Gebetsstätten Oberschwabens.

Die Krypta diente zu Zeiten des ersten Benediktinerinnen-Klosters oder Kanonissenstiftes als Ort der Verehrung der Reliquien der „Frankenheiligen“ Cornelius und Cyprianus, die im Jahr 818 hierher kamen. 

In den 1920er Jahren wurde die Krypta wieder entdeckt und 1930 neu geweiht, nachdem sie in früheren Zeiten zugeschüttet wurde;