An dieser Stelle stand schon eine frühmittelalterliche Kapelle, die um 1150 durch einen Reichenauer Mönch ausgemalt wurde (vgl. Fresken in der Taufkapelle). Noch sichtbar ist auch die aus dieser Zeit stammende Wehranlage um die Kirche. 

Dieses Gotteshaus war bis zur Säkularisation 1803 die „Leutekirche“ der Buchauer und Kappler Bürger. 1927 erfolgte der Abbruch der zu klein gewordenen Barockkirche, die noch geostet war. Seither ist die Blickrichtung zum Altar jetzt nach Süden hin. Der Chor der ehemaligen Kirche ist als Taufkirche erhalten und integriert.

Ein schicksalshafter Tag für die Kirche war der 27.06.1935: Bei einem Erdbeben stürzte der Turm in die Kirche hinein. Die letzte Renovation wurde im Jahr 1990 durchgeführt.

Bei der Kirche St. Peter und Paul in Kappel befindet sich seit jeher der Friedhof für die Bürger der Stadt Buchau und der Ortschaft Kappel. Hier wird noch einmal deutlich, dass die Stiftskirche und das ganze Stift Buchau bis zur Säkularisation 1803 für die Bevölkerung keine Bedeutung hatte, sondern ausschließlich den adeligen Stiftsdamen vorbehalten war.